公司开具5000元发票需要缴纳的税费取决于公司的纳税人身份和发票类型。以下是详细说明：
一般纳税人
增值税税率通常为16%。
实际要缴的税 = 销项税额 - 进项税额 = 5000 * 16% - 进价 * 16%。
小规模纳税人
增值税税率为3%。
实际要缴的税 = 5000 * 3%。
发票类型
如果发票上的税额是5000元，那么需要根据上述税率计算应缴税额。
小规模纳税人季度销售额不超过9万元可以免征增值税，因此如果季度销售额不超过9万元，则不需要缴纳增值税。
建议
一般纳税人：需要根据具体的销项税额和进项税额来计算应缴税额。
小规模纳税人：如果季度销售额不超过9万元，则不需要缴纳增值税；否则，按照3%的税率计算应缴税额。
请根据公司的具体情况和发票类型选择合适的税率进行计算。
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