在公司亏损的情况下，股东退股的清算方式主要取决于股东是部分退出还是全体退出，以及公司是否决定停止运营。以下是具体的清算步骤和注意事项：股权转让：股东可以将股份转让给其他股东或第三人。在这种情况下，不需要进行深度清算，只需根据公司的净资产价值