在公司亏损的情况下，股东退股的清算方式主要取决于股东是部分退出还是全体退出，以及公司是否决定停止运营。以下是具体的清算步骤和注意事项：
部分股东退股
股权转让：股东可以将股份转让给其他股东或第三人。在这种情况下，不需要进行深度清算，只需根据公司的净资产价值对股权转让所产生的收益和损失进行评估和处理。
企业变更登记：完成股权转让后，需要办理企业变更登记，包括公司章程、股东名册等相应的变更手续。
全体股东退股
组建清算组：公司需要组建清算组，编制资产负债表和财产清单，制定清算方案。
通知债权人：清算组应通知所有债权人，告知他们公司的清算情况，以便债权人申报债权。
清偿债务：清算组应按照法定顺序清偿公司的债务，优先支付清算费用、职工工资、社保等法定支出。
剩余财产分配：在清偿完所有债务后，如果有剩余财产，股东可以按照股权比例进行分配。
注销登记：最后，清算组应办理公司注销登记，完成退股流程。
公司停止运营
深度清算：如果股东决议停止运营，则必须进行深度清算，并聘请专业中介机构（如税务师事务所）出具经认证的清算报告。
破产会计方法：在清算过程中，企业应采用破产会计的核算方式，确保清算过程的合法性与公正性。
所得税缴纳：如果最终分配金额超过初始投资，股东可能还需要缴纳所得税。
建议
聘请专业中介：无论是部分股东退股还是全体股东退股，建议聘请专业中介机构（如会计师事务所或律师事务所）提供清算和税务咨询服务，确保清算过程的合规性和公正性。
明确协议条款：如果合伙协议或公司章程中有关于退股和清算的条款，应严格按照协议执行，以避免后续纠纷。
及时通知债权人：在清算过程中，及时通知债权人并清偿债务，确保债权人的合法权益得到保障。
通过以上步骤和注意事项，可以确保公司亏损情况下股东退股的清算过程顺利进行，并维护各方的合法权益。
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