科三补考费的缴纳方式有以下几种：驾校代缴可以将补考费用交给驾校，由驾校统一办理缴纳手续，并索取相应的票据作为凭证。车管所窗口缴纳携带相关证件和补考通知单，前往当地车管所的缴费窗口办理。在线平台缴纳可以通过公安部互联网交通安全综合服务管理平台或手机交管12123app进行在线支付操作，并确认支付成功。